Územie Bernolákova bolo osídlené už v období neolitu (novšej doby kamennej) a v staršej dobe bronzovej.Viac hmotných pamiatok pochádza z 8.storočia z obdobia slovansko-avarského spolužitia.
Prvé písomné pramene pochádzajú z roku 1209. V tomto roku kráľ Ondrej II. daroval správcovi Šebešovi obec i panstvo Svätý Jur, ktorého súčasťou bola i dedina CEKI ( dnešné Bernolákovo ) . Už v roku 1216 mala obec meno CHEKI. V tomto období boli na území dnešného Bernolákova dve osady ČEKI a LUŽNICA. Obe osady sa neskôr spojili a postupne sa menil i názov obce ( CSEKLÉSZ , CHECLEZ , CHEKLEZ , ČEKLÝS , ČEKLÍS ). Nad obcou sa týči Várdomb, na ktorom je štýlovo postavená vodárenská veža. Pripomína miesto, kde bol okolo roku 1290 vybudovaný Čeklísky hrad. Začiatkom 18.storočia bol za povstania Františka Rákoczyho II. zničený. Významnou stavbou bol pôvodný gotický kostol zo 14. storočia, v rokoch 1764 - 1773 bol prestavaný. Zasvätený bol sv. Štefanovi - patrónovi kostola . Začiatkom 16. storočia má obecný úrad v pečati tri ľalie. Vtedy sa používalo i krátkodobé pomenovanie DREI LILIEN STADT.
V roku 1523 dostala obec prvú výsadnú listinu, no mestečkom sa stala až v rozpätí rokov 1606 - 1630. V ďalšom období sa obec spája s významným rodom Esterházyovcov. Gróf Jozef Esterházy tu v rokoch 1714 - 1722 dal postaviť honosný kaštieľ. Monumentálna architektúra bola ovplyvnená viedenským barokom. Autorom projektu bol pravdepodobne Ján Bernard Fischer z Erlachu, neskôr v prvej polovici 18. storočia boli vykonané menšie úpravy architektom J.Fellnerom. Svojim riešením patril medzi najskvostnejšie barokové kaštiele u nás. V okolí kaštieľa sa rozprestieral park v štýle francúzskych parkov. V zámockom parku bola vybudovaná i baroková kaplnka Svätej Anny ( 1724 ). Zaujímavosťou bol i mariánsky stĺp od Ľ.Godeho.
Majitelia kaštieľa boli veľmi významným rodom. Svedčí o tom i rok 1766 , kedy bol hosťom Esterházyovcov celý kráľovský dvor. V tom istom roku tu panovníčka Mária Terézia zriadila prvú manufaktúru - kartúnku . Zo 17.storočia sa zachoval ''stĺp hanby''.
Významnou historockou kapitolou obce bolo pôsobenie mladého katolíckeho kňaza Antona Bernoláka v rokoch 1787 - 1791 . Bol predstaviteľom mladej slovenskej inteligencie, ktorá sa snažila o pozdvihnutie slovenského národa i jeho jazyka. Najvýznamnejším činom Antona Bernoláka bolo kodifikovanie spisovnej slovenčiny v roku 1787. Dňa 10.októbra 1937 bol odhalený jeho pomník a od roku 1948 obec nesie jeho meno - B E R N O L Á K O V O .
Historickou pamiatkou je i ERB obce, ktorého počiatky siahajú do 14. storočia. Vtedy obec používala pečatidlo v tvare kruhopisu . Na obecnej pečati bol zobrazený patrón kostola sv.Štefan ( celá jeho postava ) . V rokoch 1606 - 1630 sa Čeklís stal mestečkom a vtedy vzniklo i nové pečatidlo. V kruhopise bolo vytlačené * SIGILVM * VAROS *CZEKL .ZI. (Pečať mestečka Čeklís a skratka iniciálky SI - sv. Štefan ). Na tomto pečatidle už nebola celá postava sv. Štefana kráľa, ale len jeho pravé rameno, ktoré držalo v ruke kráľovské žezlo. V rokoch 1630 -1634 vzniklo nové erbové pečatidlo s latinským kruhopisom SIGILLVM OPPIDI CZEKLISZ , ktoré používal obecný úrad až do roku l910. Dnešný erb pozostáva z modrého štítu. Pravé striebornoodeté rameno zviera v dlani zlaté ľaliové žezlo. Od erbu sa odvíja i obecná vlajka ukončená lastovičím zástrihom.
V súčasnosti je Bernolákovo dymamicky sa rozvíjajúcou obcou s veľkou perspektívou do budúcnosti. Schválením Smerného územného plánu sa vytvorili podmienky pre výstavbu rodinných domov v nových oblastiach obce a súčasne bola vyčlenená oblasť pre podnikateľské aktivity, ktoré smerujú von zo zastavaného územia obce a sústreďujú sa pri štátnej ceste Bratislava - Senec.